TÜRKÇE
ENGLISH
Genel Bilgi
| Kod | BT508 |
| Ad | Python ile Biyoinformatik Yazılım Geliştirme |
| Dönem | 2022-2023 Eğitim-Öğretim Yılı |
| Yarıyıl | . Yarıyıl |
| Süre (T+U) | 4-0 (T-U) (17 Hafta) |
| AKTS | 6 AKTS |
| Yerel Kredi | 4 Yerel Kredi |
| Eğitim Dil | Türkçe |
| Seviye | Yüksek Lisans Dersi |
| Tür | Normal |
| Öğretim Şekli | Yüz Yüze Öğretim |
| Bilgi Paketi Koordinatörü | Prof. Dr. ZEYNEL CEBECİ |
Dersin Amacı / Hedefi
Bu ders biyoinformatik bilgi kaynakları, protein ve gen veritabanları; gen ve protein dizileri için BLAST algoritmalarını öğretmek amacındadır.
Dersin İçeriği
Bu ders, Python programlama dilinde programlama ve biyoinformatik yazılım geliştirme konularını içermektedir.
Dersin Ön Koşulu
Daha önce programlama dillerinden herhangi birini öğrenmiş olmak
Kaynaklar
Bassi, S. (2016). Python for bioinformatics. Chapman and Hall/CRC. Model, M. L. (2009). Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data. O'Reilly Media, Inc.
Notlar
Biopython Tutorial. URL https://www.tutorialspoint.com/biopython/index.htm
Dersin Öğrenme Çıktıları
| Sıra | Dersin Öğrenme Çıktıları |
|---|---|
| ÖÇ01 | Python dilini öğrenir. |
| ÖÇ02 | Biyoinformatikle ilgili yazılımlar kodlayabilir. |
| ÖÇ03 | Nesne yönelimli programlamayı öğrenir. |
| ÖÇ04 | Kodlama hatalarını incelemeyi ve düzletmeyi öğrenir. |
Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi
| Sıra | Tür | Program Öğrenme Çıktıları | Duzey |
|---|---|---|---|
| PÖÇ01 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Lisans düzeyi yeterliliklerine dayalı olarak, aynı veya farklı bir alanda bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirir, derinleştirir ve istatistik metotları kullanarak analiz eder ve yorumlar. | 4 |
| PÖÇ02 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Alanının ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi teşhis eder, araştırma yöntemlerini kullanarak çözer. | 3 |
| PÖÇ03 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Alanında edindiği bilgileri farklı disiplin alanlarından gelen bilgilerle bütünleştirerek yorumlar ve yeni bilgiler oluşturur. | |
| PÖÇ04 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Alanı ile ilgili uygulamalarda karşılaşılan ve öngörülemeyen karmaşık sorunların çözümü için yeni stratejik yaklaşımlar geliştirir ve sorumluluk alarak çözüm üretir. | |
| PÖÇ05 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uygulanması ve duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerleri gözeterek denetler ve bu değerleri öğretir. | 3 |
| PÖÇ06 | Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik | Alanı ile ilgili karşılaşılan sorunlarını çözmek ve araştırma yöntemlerini kullanarak gerekli düzeyde iletişim kurar. | 3 |
| PÖÇ07 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Biyoteknoloji alanında bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirebilme ve derinleştirebilme yetisini kazanır | 2 |
| PÖÇ08 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Alanı ile ilgili karşılaşılan sorunların çözümünde stratejik karar verme süreçlerini kullanarak işlevsel etkileşim kurar. | |
| PÖÇ09 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Biyoteknolojik ürün elde edilirken dikkat edilmesi gereken etik kuralları bilir. | |
| PÖÇ10 | Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik | Uzman kişiler ile alanındaki konuların tartışılmasında özgün görüşlerini savunur ve alanındaki yetkinliğini gösteren etkili bir iletişim kurar. |
Haftalık Akış
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık | Yöntemler |
|---|---|---|---|
| 1 | Python'a giriş, kurulum ve çalışma ortamının kullanılması | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Anlatım |
| 2 | Veri türleri | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Anlatım |
| 3 | Değişkenler ve değişken türleri | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Anlatım |
| 4 | Basit ifadeler | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Anlatım |
| 5 | İleri veri türleri, taşıyıcılar | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Anlatım |
| 6 | Döngüler | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Anlatım |
| 7 | Fonksiyonlar | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Anlatım |
| 8 | Ara Sınav | Sınava hazırlık | Ölçme Yöntemleri: Ödev |
| 9 | Hata düzeltme | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Anlatım |
| 10 | Kodlama yönetimi | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Anlatım |
| 11 | Giriş/Çıkış dosyaları | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Anlatım |
| 12 | Diğer bileşenlerle etkileşimler | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Anlatım |
| 13 | Düzenli ifadeler | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Anlatım |
| 14 | Fonksiyonel programlamaya giriş | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Anlatım |
| 15 | Nesne yönelimli programlamaya giriş | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Anlatım |
| 16 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Sınava hazırlık | Ölçme Yöntemleri: Ödev |
| 17 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Sınava hazırlık | Ölçme Yöntemleri: Ödev |
Öğrenci İş Yükü - AKTS
| Çalışmalar | Sayısı | Süresi (Saat) | İş Yükü (Saat) |
|---|---|---|---|
| Ders ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ders (Sınav haftaları dahil değildir) | 14 | 4 | 56 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) | 14 | 4 | 56 |
| Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ödev, Proje, Diğer | 0 | 0 | 0 |
| Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) | 1 | 12 | 12 |
| Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı | 1 | 28 | 28 |
| Toplam İş Yükü (Saat) | 152 | ||
| Toplam İş Yükü / 25 (s) | 6,08 | ||
| AKTS | 6 AKTS | ||