TÜRKÇE
ENGLISH
Genel Bilgi
| Kod | BK0073 |
| Ad | Moleküler Filogenetik Analizler I |
| Dönem | 2024-2025 Eğitim-Öğretim Yılı |
| Yarıyıl | . Yarıyıl |
| Süre (T+U) | 2-2 (T-U) (17 Hafta) |
| AKTS | 6 AKTS |
| Yerel Kredi | 3 Yerel Kredi |
| Eğitim Dil | Türkçe |
| Seviye | Doktora Dersi |
| Tür | Normal |
| Öğretim Şekli | Yüz Yüze Öğretim |
| Bilgi Paketi Koordinatörü | Prof. Dr. SERDAR SATAR |
Dersin Amacı / Hedefi
Filogenetik verilerin elde edilmesi için gerekli olan alt yapının, örnekleme büyüklükleri, DNA dizileme, dizilemelerin üst üste oturtturulması, farklı programlar kullanılarak bunların analizleri (FinchTV,Mega 6.0, DnSp, Arlequin, MrBayes vb), kendi alanlarında geçerli topolojileri oluşturma yöntemleri, popülasyonlar arasındaki uzaklıklar-yakınlıklar, Gen akım oranları belirlenmesindeki önemli noktaları analiz edebilme becerisini kazandırmak dersin amacıdır.
Dersin İçeriği
DNA ve protein dizilerinin karşılaştırılmasıyla yapılan moleküler filogenetik analizler türün oluşmaya başladığı ilk atalarından günümüze kadar tüm bilgileri yansıtmalarından dolayı, evrimsel süreçlerin dahil olduğu moleküler biyoloji, türlerin evrimsel ilişkileri gibi moleküler evrim oranlarının hesaplanmasını sağlamakta ve bu süreçleri bizim daha iyi anlamamıza yardımcı olmaktadır. Filogenetik çalışmalar veya çıkarımlar moleküler seviyede yapılan pek çok çalışmanın rutini haline gelmiştir. Yoğun bilgi ve istatistiksel karmaşıklar ve farklı metotların uygulandığı moleküler filogenitik analizler, doğru bir şekilde uygulanmaz ise hatalı evrimsel hipotezlerin ortaya çıkmasına sebep olabilecektir. Bu nedenlerle verilmesi planlanan Moleküler filogenetik analizler dersinde filogenetik verilerin elde edilmesi dersin içeriğidir.
Dersin Ön Koşulu
Temel moleküler dersi almış olmak.
Kaynaklar
İnternet kaynakları ve uygulamalar.
Notlar
Yoktur.
Dersin Öğrenme Çıktıları
| Sıra | Dersin Öğrenme Çıktıları |
|---|---|
| ÖÇ01 | DNA dizilme ve NBCI'da blast |
| ÖÇ02 | Moleküler genetikte kullanılan programların öğrenilmesi |
| ÖÇ03 | Program çıktılarının yorumlanması |
| ÖÇ04 | Filogenetik ağaç çizimi |
Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi
| Sıra | Tür | Program Öğrenme Çıktıları | Duzey |
|---|---|---|---|
| PÖÇ01 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Temel bilim, genel ziraat mühendisliği, bitkisel üretimle ilgili temel konularda bilgi sahibi olur. | 1 |
| PÖÇ02 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Kültür bitkilerinde verim kaybına neden olan hastalık, zararlı ve yabancı otların biyolojisi, ekolojisi, sistematiği ve mücadele yöntemlerini öğrenir. | |
| PÖÇ03 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Kültür bitkilerinde verim kaybına neden olan hastalık, zararlı ve yabancı otların tanısı, biyolojisi ve mücadelesini uygulamalı olarak öğrenir. | 2 |
| PÖÇ04 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Bitki koruma problemlerini kavrar, bilimsel yöntemlerle çözümü için gerekli beceriyi kazanır. | 1 |
| PÖÇ05 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Laboratuvar kullanma, analiz yapma ve sonuçları değerlendirme, yorumlama ve rapor yazma becerisi kazanır. | 4 |
| PÖÇ06 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Bitki koruma problemlerine karşı uygun mücadele yöntemlerini seçerek, pratikte doğru kullanımını sağlar. | |
| PÖÇ07 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Gerekli teknolojileri kullanarak bilgiye ulaşır, bunları sentezleyerek sözlü sunumlar yapar. | 3 |
| PÖÇ08 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Alanıyla ilgili problemleri belirleme ve bunların çözümünde üst düzey bilimsel araştırma yöntemlerini kurgulama ve kullanma becerisi kazanır. | |
| PÖÇ09 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Alanı ile ilgili uzmanlık gerektiren bir çalışmayı veya projeyi bağımsız olarak yürütebilme, pratikte karşılaşılan sorunların çözümü için yeni yaklaşımlar geliştirebilme ve sorumluluk alarak çözüm üretebilme | |
| PÖÇ10 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Alanıyla ilgili problemleri belirleme ve bunların çözümünde üst düzey bilimsel araştırma yöntemlerini kurgulama ve kullanma becerisi kazanır | |
| PÖÇ11 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Genelde bitki koruma, özelde uzmanlık alanındaki bilgileri geliştirebilir, derinleştirebilir, bilime yenilik getirecek ve özgün sonuçlara ulaşacak çalışmalar yapma ve yaptırma yetisi kazanır. | |
| PÖÇ12 | Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik | Özgün buluş, görüş, yaklaşım ve önerilerini uzmanlardan oluşan topluluklar önünde savunabilir, etkili iletişim kurarak tartışabilir. | |
| PÖÇ13 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Bitki Koruma ile ilgili konuları diğer bilim alanları ile ilişkilendirebilir, yeni ve karmaşık fikir, olay ve olguların değerlendirmesinde uzmanlık gerektiren bilgileri etkin biçimde kullanır. | |
| PÖÇ14 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Bitki koruma alanındaki bilimsel, teknolojik, sosyal ve kültürel ilerlemelerin; bilgi toplumu oluşturma, bilimsel yöntemlerle sorun çözme ve karar aşamalarında etkin görevler üstlenebilir. | |
| PÖÇ15 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Bitki Koruma alanında edindiği bilgi ve deneyimlerini, üretim alanında karşılaştığı problemlerin çözümünde kullanır, kamu ve özel kuruluşlarda görev alır veya danışmanlık hizmeti verir. | |
| PÖÇ16 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Elde ettiği araştırma ve proje sonuçlarını rapor/tez haline dönüştürebilme ve bunları uluslararası toplantılarda ve dergilerde sunabilme ve yayınlayabilme becerisi kazanır. |
Haftalık Akış
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık | Yöntemler |
|---|---|---|---|
| 1 | Moleküler flogenetike giriş | Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 2 | NCBI verilerin elde edilmesi | Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 3 | Sekansın temizlenmesi ve allign I | Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 4 | Sekansın temizlenmesi ve allign II | Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması | Yöntem Seçilmemiş |
| 5 | Sekansın temizlenmesi ve allign III | Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 6 | Popülasyon genetiği verilerinin hesaplanması I | Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 7 | Popülasyon genetiği verilerinin hesaplanması II | Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 8 | Ara Sınavlar | Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması | Ölçme Yöntemleri: Ödev |
| 9 | Popülasyon genetiği verilerinin hesaplanması III | Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 10 | AMOVO-Moleküler varyansın hesaplanması Arlequin | Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 11 | Filogenetik Ağaçlar I | Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 12 | Filogenetik Ağaçlar II | Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 13 | Filogenetik Ağaçlar III | Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 14 | Filogenetik Ağaçlar IV | Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 15 | Filogenetik ağaçların evrimsel yorumlanması | Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 16 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması | Ölçme Yöntemleri: Sözlü Sınav |
| 17 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması | Ölçme Yöntemleri: Sözlü Sınav |
Öğrenci İş Yükü - AKTS
| Çalışmalar | Sayısı | Süresi (Saat) | İş Yükü (Saat) |
|---|---|---|---|
| Ders ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ders (Sınav haftaları dahil değildir) | 14 | 4 | 56 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) | 14 | 4 | 56 |
| Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ödev, Proje, Diğer | 1 | 2 | 2 |
| Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) | 1 | 12 | 12 |
| Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı | 1 | 28 | 28 |
| Toplam İş Yükü (Saat) | 154 | ||
| Toplam İş Yükü / 25 (s) | 6,16 | ||
| AKTS | 6 AKTS | ||