TÜRKÇE
ENGLISH
Genel Bilgi
| Kod | BT0096 |
| Ad | Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR), Optimizasyonu ve Sonuçlarının Görüntülenmesi |
| Dönem | 2024-2025 Eğitim-Öğretim Yılı |
| Dönem | Bahar |
| Süre (T+U) | 3-0 (T-U) (17 Hafta) |
| AKTS | 6 AKTS |
| Yerel Kredi | 3 Yerel Kredi |
| Eğitim Dil | Türkçe |
| Seviye | Yüksek Lisans Dersi |
| Tür | Normal |
| Öğretim Şekli | Yüz Yüze Öğretim |
| Bilgi Paketi Koordinatörü | Prof. Dr. ARMAĞAN ERDEM ÜTÜK |
| Dersin Öğretim Elemanı |
Prof. Dr. ARMAĞAN ERDEM ÜTÜK
(A Grubu)
(Sor. Öğr. Ele.)
|
Dersin Amacı / Hedefi
Dersin amacı mezun olan öğrencilerin Polimeraz Zincir Reaksiyonu konusunda bilgi sahibi olmalarını, testi uygulayabilmeleri ve uygulamalar sırasında karşılaşabilecekleri problemleri çözmeleri konusunda bilgi ve beceri kazanmasını sağlamaktır.
Dersin İçeriği
Bu ders moleküler tanı ve tiplendirme tekniklerinin temeli olan Polimeraz Zincir Reaksiyonu, standardizasyonu ve sonuçların değerlendirilmesi konularını kapsar.
Dersin Ön Koşulu
YOKTUR
Kaynaklar
Öğretim üyesi tarafından hazırlana ders notları kullanılacaktır
Notlar
1.Durmaz R, Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji, 2.baskı, İnönü Üniv.Tıp Fak. Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji AD, Malatya, 2001; 149-160. 2. Freeman S, Herron JC, Evrimsel Analiz, Palme Yayıncılık, Ankara, 2009. Lemey P, Salemi M, Vandamme AM, The Phylogenetic Handbook, A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing, Cambridge University Press, 2009. 3.Pevsner J, Bioinformatics and Functional Genomics, Wiley-Blackwell, 2009. Xıong J, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, 2006. 4. QiaGen, Critical Factors for Succesful PCR 5. Promega, Product İnformation, Blue/Orange 6X Loading Dye 6. Fermentas, Product İnformation, Protocol for PCR with Taq DNA Polumerase 7. Clip Continental Lab Products, Product İnformation, Model 710 Horizontal Electrophoresis Device
Dersin Öğrenme Çıktıları
| Sıra | Dersin Öğrenme Çıktıları |
|---|---|
| ÖÇ01 | PZR ürünlerinin elektroforez ve görüntüleme işlemelerini uygular. |
| ÖÇ02 | PZR'yi optimize eder. |
| ÖÇ03 | PZR ve PZR temelli moleküler teknikleri listeler. |
| ÖÇ04 | Dokulardan DNA eldesini tanımlar. |
| ÖÇ05 | Hücrenin yapısını listeler. |
| ÖÇ06 | PZR uygulaması esnasında ortaya çıkan sorunları çözer. |
| ÖÇ07 | Nükleik asitlerin yapısını açıklar. |
| ÖÇ08 | Replikasyon, transkripsiyon ve translasyon aşamalarını açıklar. |
Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi
| Sıra | Tür | Program Öğrenme Çıktıları | Duzey |
|---|---|---|---|
| PÖÇ01 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Lisans düzeyi yeterliliklerine dayalı olarak, aynı veya farklı bir alanda bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirir, derinleştirir ve istatistik metotları kullanarak analiz eder ve yorumlar. | 3 |
| PÖÇ02 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Alanının ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi teşhis eder, araştırma yöntemlerini kullanarak çözer. | |
| PÖÇ03 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Alanında edindiği bilgileri farklı disiplin alanlarından gelen bilgilerle bütünleştirerek yorumlar ve yeni bilgiler oluşturur. | |
| PÖÇ04 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Alanı ile ilgili uygulamalarda karşılaşılan ve öngörülemeyen karmaşık sorunların çözümü için yeni stratejik yaklaşımlar geliştirir ve sorumluluk alarak çözüm üretir. | 4 |
| PÖÇ05 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uygulanması ve duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerleri gözeterek denetler ve bu değerleri öğretir. | 2 |
| PÖÇ06 | Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik | Alanı ile ilgili karşılaşılan sorunlarını çözmek ve araştırma yöntemlerini kullanarak gerekli düzeyde iletişim kurar. | |
| PÖÇ07 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Biyoteknoloji alanında bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirebilme ve derinleştirebilme yetisini kazanır | |
| PÖÇ08 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Alanı ile ilgili karşılaşılan sorunların çözümünde stratejik karar verme süreçlerini kullanarak işlevsel etkileşim kurar. | |
| PÖÇ09 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Biyoteknolojik ürün elde edilirken dikkat edilmesi gereken etik kuralları bilir. | |
| PÖÇ10 | Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik | Uzman kişiler ile alanındaki konuların tartışılmasında özgün görüşlerini savunur ve alanındaki yetkinliğini gösteren etkili bir iletişim kurar. |
Haftalık Akış
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık | Yöntemler |
|---|---|---|---|
| 1 | Hücrenin yapısı | İnternet araştırması yapma | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma |
| 2 | DNA'nın yapısı ve replikasyonu | Slayt inceleme, İnternet araştırması yapma | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Gösteri |
| 3 | Transkripsiyon ve Translasyon | Slayt inceleme, İnternet araştırması yapma | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Gösteri |
| 4 | Gen, genom ve DNA regülasyonu | Slayt inceleme, | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Gösteri |
| 5 | Mutasyonlar (Genom, Gen, DNA mutasyonları) | Slayt inceleme, İnternet araştırması yapma | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Gösteri |
| 6 | DNA ekstraksiyon yöntemleri | İnternet araştırması yapma | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Gösteri, Tartışma, Beyin Fırtınası |
| 7 | Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR)'na giriş | Ders kitabı okuma, Slayt inceleme | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma |
| 8 | Ara Sınavlar | Sınav hazırlığı | Ölçme Yöntemleri: Sözlü Sınav, Ödev |
| 9 | PZR modifikasyonları (Semi-Nested PCR, Nested PCR, Multiplex-PCR, RAPD-PCR, Real Time-PCR) | Ders kitabı okuma, Slayt inceleme | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma |
| 10 | PZR'de optimizasyon (enzim, tampon, magnezyum klorür, potasyum klorür, dNTP mix, primerler) | Slayt inceleme, İnternet araştırması yapma | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Gösteri |
| 11 | PZR'de optimizasyon (Sikluslardaki parametrelerin optimizasyon) | Slayt inceleme, İnternet araştırması yapma | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Gösteri, Beyin Fırtınası |
| 12 | Amplifikasyon ürünlerinin elektroforezinde kullanılan jellerin (agaroz, PAGE) hazırlanması | Slayt inceleme, İnternet araştırması yapma | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Gösteri |
| 13 | Elekroforez, jellerin boyanması ve sonuçların görüntülenmesi | Slayt inceleme, İnternet araştırması yapma | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Gösteri |
| 14 | Elektroforez, jel hazırlama ve görüntüleme aşamalarında optimizasyon | Slayt inceleme, İnternet araştırması yapma | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Gösteri |
| 15 | PZR de meydana gelen sorunlar ve çözüm önerileri | Slayt inceleme, İnternet araştırması yapma | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Gösteri, Tartışma, Beyin Fırtınası |
| 16 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Sınav hazırlığı | Ölçme Yöntemleri: Sözlü Sınav, Ödev |
| 17 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Sınav hazırlığı | Ölçme Yöntemleri: Yazılı Sınav, Sözlü Sınav |
Öğrenci İş Yükü - AKTS
| Çalışmalar | Sayısı | Süresi (Saat) | İş Yükü (Saat) |
|---|---|---|---|
| Ders ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ders (Sınav haftaları dahil değildir) | 14 | 3 | 42 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) | 14 | 7 | 98 |
| Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ödev, Proje, Diğer | 1 | 4 | 4 |
| Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) | 1 | 1 | 1 |
| Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı | 1 | 1 | 1 |
| Toplam İş Yükü (Saat) | 146 | ||
| Toplam İş Yükü / 25 (s) | 5,84 | ||
| AKTS | 6 AKTS | ||